本校按辦學團體（天主教香港教區）指引，於 2013 年 3 月 1 日正式成立「佐敦谷聖若瑟天主教小學法團校董會」。2020-2021 年度校董代表名單如下：
| 校董姓名 | 職位 | 備註 |
| 盧伯榮神父 | 校監 | 辦學團體委任 |
| 潘永强先生 | 司庫 | 辦學團體委任 |
| 洪美華校長 | 秘書 | 當然校董 |
| 夏志猷先生 | 校董 | 辦學團體委任 |
| 楊港興先生 | 校董 | 辦學團體委任 |
| 陳祖榮先生 | 校董 | 辦學團體委任 |
| 周啟明博士 | 校董 | 辦學團體委任 |
| 沈燕菊校長 | 校董 | 辦學團體委任 |
| 劉偉傑校長 | 校董(替代校董) | 辦學團體委任 |
| 李運英女士 | 校董 | 獨立校董 |
| 關正勇助校 | 校董 | 教員校董 |
| 陳燕貞副校長 | 校董(替代校董) | 替代教員校董 |
| 施寶寶女士 | 校董 | 家長校董 |
| 陳小珊女士 | 校董(替代校董) | 替代家長校董 |
| 蔡德賢先生 | 校董 | 校友校董 |